Mlýn poháněla voda z potoka, který pramení v nedalekých Horních Počernicích a v minulosti na něm bylo založeno několik rybníků. Budova mlýna, která se dochovala dodnes, i když již dávno neslouží k původním účelům, stojí poblíž velkého rybníka (dnešní Návesní rybník) rozprostírajícího se pod návrším s kostelem. Z rybníka vedl k mlýnu mlýnský náhon, který se po opětovném spojení se strouhou vytékající z Návesního rybníka vléval níž do dnes již neexistujícího Bechyňského rybníka, (pod nímž bývaly ještě další dva panské rybníky) a dál do Horoušan, kde tvořil další rozsáhlý rybník.

Další zpráva o mlýnu je z roku 1544, kdy se uvádí jako pustý. Z prodejní listiny z roku 1587 se dozvídáme, že byl podstatně opraven nebo dokonce znovu postaven. Roku 1603 se uvádí, že měl jedno mlýnské kolo. Jeho provoz je stvrzen i v roce 1615 a znovu roku 1654.

Roku 1721 byl pro nedostatek vody zrušen a prodán s 3 kopami rolí od panského popluží Václavu Skořepovi - jeho rod na mlýnu v Jirnech hospodařil po několik generací, ale roku 1737 vrchnost mlýn opětovně obnovila.

Definitivně měl být zrušen v roce 1780, ale v soupisu obyvatel z roku 1843 je v Jirnech zapsán i jeden mlynář, což dokazuje, že mlýn i přes výše uvedenou skutečnost doposud (možná jen příležitostně) pracoval. V roce 1880 byl mlýn poškozen ohněm (shořela střecha), v roce 1881 opraven.